Luas wilayah Desa Madugowongjati adalah 272.408 Ha, yang terbagi dalam berbagai peruntukan seperti fasilitas umum seluas 12.455 Ha, Pemukiman seluas 38.356 Ha dan lainnya seluas 221.597 Ha.

Desa Madugowongjati terletak pada ketinggian 75 m dari permukaan laut, kondisi iklim desa Madugowongjati menunjukkan suhu udara rata-rata sebesar 30-37 C dengan curah hujan rata-rata 200mm.